საერთაშორისო ურთიერთობის მხრივ საზღვაო ტრანსპორტის სააგენტოს ძირითადი მიზნები და ფუნქციებია:

თანამშრომლობა საერთაშორისო ორგანიზაციებთან (IMO, ILO);
კომუნიკაცია და ინფორმაციის გაცვა საზღვაო ადმინისტრაციებთან;
უკანონო ნაოსნობის აღმოფხვა;
პროექტების შემუშავება;
ევროკავშირთან თანამშრომლობა;
სემინარების, სამუშაო შეხვედრების, ფორუმების, წვრთნების, ოფიციალური ვიზიტების დაგეგმვა.

საერთაშორისო საზღვაო ორგანიზაცია (IMO)

საქართველო 1993 წლიდან არის საერთაშორისო საზღვაო ორგანიზაციის წევრი. ამ პერიოდის განმავლობაში საზღვაო ტრასპორტის სააგენო აქტიურად თანამშრომლობს საერთაშორისო საზღვაო ორგანიზაციასთან, ასევე სააგენტომ  IMO-ს მხარდაჭერით შეიმუშავა საქართველოს საზღვაო კოდექსი. სააგენტოსა და  IMO-ს შორის ურთიერთობის ძირითადი მიზნები არის: კომიტეტებზე და ქვეკომიტეტებზე დასწრება, საჭირო ინფორმაციის მიწოდება (ყოველწლიური ანგარიში), ცირკულარების ჩაბარება საჭირო ვადებში, ინფორმაციის განახლება და ატვირთვა, IMO DOC-ზე და საერთაშორისო ინტეგრირებულ სანაოსნო ინფორმაციის სისტემაში (GISIS).  სააგენტოსთვის ასევე მნიშვნელოვანია IMO-ს მიერ ორგანიზებულ და დაფინანსებულ  წვრთნებში, პროექტებში, სემინარებში და სამუშაო შეხვედრებში აქტიური მონაწილეობა.

კომუნიკაცია და ინფორმაციის გაცვლა სხვა ქვეყნების საზღვაო ადმინისტრაციებთან

საზღვაო სფეროში  მნიშვნელოვანია აქტიურობა, აქედან გამომდინარე საზღვაო ტრანსპორტის სააგენტო, აქტიურად თანამშრომლობს სხვა ქვეყნების საზღვაო ადმინისტრაციებთან.

ურთიერთგაგების მემორანდუმი  საერთაშორისო კონვენციის მეზღვაურთა  წვრთნის, სერტიფიცირებისა და ვახტის გაწევის შესახებ ხელმოწერილ იქნა მთელ რიგ ქვეყნებთან. მათ შორის მიმდინარეობს მემორანდუმების განახლების პროცესი ევროკავშირის ქვეყნებთან.

თანამშრომლობა ევროკავშირთან

ევროკავშირის სტანდარტებთან მიახლოება წარმოადგენს სსიპ საზღვაო ტრანსპორტის სააგენტოს  მთავარ ამოცანას.  სააგენტო მონაწილებს მთელ რიგ ევროკავშირის მიერ დაფინანსებულ რეგიონალურ და საერთაშორისო პროქტებში.

საზღვაო ტრანსპორტის სააგენტო აქტიურად არის ჩართული ევროკომისიის მიერ დაფინანსებულ პროექტებში:  ტექნიკური დახმარება და ინფორმაციის გაცვლის ინსტრუმენტი (TAIEX) და  ტვინინგი (TWINNING), ასვე TRACECA Maritime Safety  and Security II.

 
სემინარები/სამუშაო შეხვედრები/ფორუმები/წვრთნები/ოფიციალური ვიზიტები

ცოდნისა და გამოცდილების  გაღრმავების მიზნით  საზღვაო და სანაოსნო სფეროში, სსიპ საზღვაო ტრანსპორიტის საგენტოს თანამშრომლები ესწრებიან მთელ რიგ სემინარებს, სამუშაო შეხვედრებს, ფორუმებს, წვრთნებს  და მართავენ ოფიციალურ შეხვედრებს, რომლებიც ორგანიზებულია ან დაფინასებულია საერთაშორისო ორგნიზაციების და ევროკავშირის მიერ.

სააგენტოს აქვს ყოველწლიური გეგმა სემინარების, სამუშაო     შეხვედრების, ფორუმების, წვრთნების და ოფიციალური ვიზიტების შესახებ, ასევე ხდება ზემოაღნიშნულ  გეგმაში  ცვლილებების  შეტანა სააგენტოს  დეპარტამენტების მოთხოვნებისა და საჭიროებების შესაბამისად.